Istnieje duże ryzyko, że faktury wystawiane przed uzyskaniem zaliczki lub przed datą wydania towaru lub wykonania usługi mogą zobowiązać do podwójnej zapłaty podatku VAT z tytułu tej samej transakcji. Ale jest szansa, by podatnik nawet po wystawieniu takiej faktury w miarę szybko zareagował i podatek płacił tylko raz.
O problemie faktycznym ze stosowaniem nowych przepisów alarmują przedsiębiorcy, którzy twierdzą, że wystawili fakturę, czekali na odbiór towaru, a klient odstąpił od umowy bądź nie zdecydował się na jego odbiór. Podobnie, gdy po wystawieniu faktury uprzedniej i przed odbiorem towaru klient wpłacił zaliczkę.
W obu przypadkach należy prowadzić dalsze postępowanie, by „pusta” faktura nie spowodowała konieczności zapłaty podatku. Odróżnić należy jednak anulowanie dokumentu, które możliwe jest wyłącznie w przypadku braku wydania dokumentu klientowi od jego korygowania. W przypadku wydania podstawą jest korygowanie – do zera.
Europejski Trybunał Sprawiedliwości (ETS) wskazał, że możliwa jest korekta błędnie zafakturowanego podatku, gdy faktura wystawiona była w dobrej wierze, z należytą starannością bez zamiaru dokonania oszustwa podatkowego.
