Podstawą odliczenia VAT są faktury lub dokumenty celne. Nowe przepisy o VAT wskazują, co powinna zawierać faktura VAT, wystawiana przez PKS, MPK i PKP.
Prawo zaliczania do kosztów podatkowych i odliczania VAT od usług oferowanych przez przewoźników publicznych rodziło spore kontrowersje. Pojawiły się one w związku z uznawaniem części biletów za faktury, co w konsekwencji rodziło spory przy okienkach kasowych o to, czy poza biletem dodatkowo należy wystawić fakturę.
Od 1 stycznia 2014 r. obowiązuje rozporządzenie z dnia 3 grudnia 2013 r. w sprawie wystawiania faktur. Wskazano w nim, co powinna zawierać faktura dokumentująca przejazd na odległość nie mniejszą niż 50 km, wystawiana w formie biletu jednorazowego. Mogą ją wystawiać podatnicy uprawnieni do przewozu osób następującymi środkami lokomocji:
Taka faktura powinna zawierać:
Oznacza to, że wyznacznikiem uznania biletu za fakturę będzie dystans przewozu pasażera. Bilet na odległość mniejszą niż 50 km nie stanowi faktury VAT i podatnik ma prawo domagać się wystawienia w związku z jego zakupem faktury. Bilet taki bez dodatkowej faktury nie będzie stanowił podstawy odliczenia VAT. W przypadku dystansu większego niż 50 km, przewoźnik do biletu nie ma podstawy wystawienia drugiej faktury dokumentującej tę samą czynność.
Zasadę powyższą powinno stosować się odpowiednio w stosunku do biletów okresowych (np. PKP) oraz biletów sieciowych – okresowych (np. na sieć tramwajową). Na dokumencie wskazana powinna być długość najdłuższej pokonywanej lub możliwej do pokonania trasy – w ramach sieci lub w ramach biletu miesięcznego. Nie wydaje się możliwe odliczenie VAT na podstawie samego biletu okresowego obowiązującego na wszystkie przejazdy w określonym terenie, np. na podstawie biletu miejskiego. Problemu z odliczeniem VAT nie powinno natomiast obecnie już sprawić przekazanie lub udostępnienie klientowi biletu w formie elektronicznej.