Rozliczenie kosztów uzyskania przychodów pracownika nie zawsze jest proste. Ich wartość zależy od okresu, w którym wypłaca się wynagrodzenie oraz okresu, za który koszty są należne.
Generalna zasada, zgodnie z którą wypełnić należy PIT-11, mówi, że informacja wskazuje kwoty kosztów faktycznie stosowane, zaliczek faktycznie pobranych i dochodu faktycznie występującego w danym roku. Stąd też nawet w przypadku błędnych rozliczeń pracownika podatnik musi ująć je na PIT-11 w wysokościach faktycznie stosowanych.
Problem pojawia się również w przypadku stosowania podwyższonych kosztów uzyskania u pracowników przebywających na wszelkich urlopach, np. chorobowym lub wypoczynkowym.
Koszty autorskie w części wynagrodzenia, do jakiej są stosowane, nie przysługują. Płatnik zobowiązany jest obniżyć wartość proporcjonalnie do czasu pracy i ograniczyć pobór kosztów rozliczanych procentowo. Standardowo pracodawcy decydują się na przyjęcie wypłat w miesiącu następującym po miesiącu świadczenia pracy, nie później niż do 10. dnia tego miesiąca. Termin ten jest zgodny z zasadami wynikającymi z Kodeksu pracy.
Niektórzy pracodawcy wypłat dokonują jednak nie później niż do końca miesiąca, w którym praca jest świadczona, np. za miesiąc maj do 27. dnia tego miesiąca. O ile zastosowanie w takim przypadku ryczałtowych kosztów pracowniczych nie sprawia problemu, to już prawidłowe określenie kosztów autorskich staje się często niemożliwe. Wynagrodzenie przysługuje bowiem za miesiąc, w którym występuje wypłata i również do wynagrodzenia za ten okres powinny być stosowane koszty uzyskania przychodów. Przez ostatnie dni miesiąca pracownik może skorzystać z urlopu wypoczynkowego, na żądanie czy chorobowego, za które nie przysługują mu koszty podwyższone.
W praktyce spotyka się sytuacje, w których podmioty stosują koszty uzyskania przychodów z miesiąca poprzedniego do wynagrodzenia za miesiąc kolejny (przesunięcie kosztów o miesiąc). Wydaje się to jednak stanowisko błędne, które nie obejmuje swym zakresem miesiąca nawiązania stosunku pracy oraz miesiąca jego rozwiązania. Stosowanie go spowodować może u płatnika zawyżenie lub zaniżenie wartości faktycznie należnych zaliczek na podatek za dany okres rozliczeniowy.
W przypadku stosowania kosztów autorskich i losowej nieobecności w pracy pracodawca jako płatnik powinien dokonać korekty rozliczeń miesiąca i uwzględnić prawidłowe koszty uzyskania, ewentualnie stosować koszty.
Koszty uzyskania przychodu płatnik stosuje w miesiącu, w którym dokonywana jest wypłata wynagrodzenia, a nie za miesiąc, za który wynagrodzenie jest należne. Zasada ta ma kardynalne znaczenie przy ustalaniu pracowniczych wypłat wynagrodzenia i poboru zaliczek na podatek dochodowy. W przypadku dwóch wypłat wynagrodzenia tego samego miesiąca pracodawca jako płatnik pobiera wyłącznie pojedyncze koszty uzyskania przychodów.
Pracownik – w zeznaniu rocznym – ma natomiast prawo ująć koszty faktycznie przysługujące mu przez cały rok (w związku z faktem, że koszty związane są z poszczególnymi przychodami ze stosunku pracy).
Powyższa sytuacja ma miejsce w przypadku zmian terminów wypłat wynagrodzenia lub w przypadku powstawania zaległości w terminowych wypłatach. Jeśli zatem płatnik w jednym z miesięcy nie wypłaci wynagrodzenia, w PIT-11 powinien ująć koszty za 11 miesięcy.
Natomiast podatnik w zeznaniu rocznym ma prawo wykazać koszty za 12 miesięcy.
