Polskie prawo zawiera również pomniejsze luki, świetnym na to przykładem jest brak przepisów dotyczących ewentualnego anulowania faktury. Jak do tej pory ciężko powiedzieć, co należałoby zrobić, gdyby towar został zwrócony lub usługa nie została wykonana, ale faktura jest już wystawiona.
O wystawionych fakturach, które mogłyby być anulowane nie jest powiedziane wprost w ustawie o VAT oraz rozporządzeniu ministra finansów. W codziennej praktyce przedsiębiorcy po prostu przekreślają wydane wcześniej faktury a na dokumencie pojawia się zapis informujący, że faktura została anulowana. Postąpić tak można jedynie w przypadku, gdy transakcja nie została ostatecznie zrealizowana oraz gdy faktury nie przekazano kontrahentowi, a tym samym nie weszła ona do obrotu prawnego.
W tej sprawie stanowisko zajął także Dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie. W jego interpretacji indywidualnej stwierdził, że anulowanie faktur, zarówno kopii jak i oryginałów, jest możliwe w przypadku nie wprowadzenia ich do obiegu prawnego. Operacje księgowe przeprowadzone w ten sposób należy opatrzyć właściwą adnotacją i powinny by przechowywane w dokumentach wnioskodawcy. Nie ma potrzeby prowadzenia ich ewidencji, ani też wykazywania kwot, jakie z nich wynikają w deklaracji VAT. Ponadto należy pamiętać, że anulowanie faktury powinno być dokonywane sporadycznie, ponieważ zbyt częste dokonywanie takiej operacji obniża zaufanie urzędów w przypadku dokonywania np. kontroli skarbowej.
Co dzieje się z fakturą już wprowadzoną do obrotu prawnego?
W przypadku, gdy faktura już trafiła do obrotu prawnego, jej anulowanie jest już niemożliwe. Pozostaje nam jeszcze tylko opcja wystawienia faktury korygującej, która rzeczywiście jest uznawana za podstawę anulowania całej przeprowadzonej transakcji. Najczęściej robi się tak w sytuacjach, w których nasi klienci rezygnują z własnej woli z zakupionego towaru, albo zwracają go na skutek innych przyczyn, np. wadliwości lub niezgodności z opisem. W przypadku usług dotyczy to sytuacji, gdy ta nie została wyświadczona lub dostarczona, mimo iż faktura weszła już w obieg. W fakturze korygującej wystawianej w takim przypadku obniża się do zera zawartą na niej kwotę.
Wystawienie faktury korygującej należy do sprzedawcy, nabywca nie może tym samym dokonywać jakiejkolwiek korekty kwoty na wydanym w ten sposób oryginalnym dokumencie. Do nabywcy należy ewentualne wystawienie noty korygującej, ale na takiej nocie nie skoryguje on wartości liczbowych. Ponadto musi on zwrócić się z prośbą skorygowania kwoty transakcji do sprzedawcy, w przypadku gdy stwierdzi taką konieczność.