Art. 106 ust. 7 ustawy o VAT, który umożliwiał podatnikowi dokumentowanie określonych w im czynności za pomocą faktur wewnętrznych, został z dniem 1 stycznia bieżącego roku uchylony. Wprowadzenie zmian było konieczne, ponieważ regulacje prawa unijnego nie przewidują aby tego rodzaju faktury wymagano w państwach członkowskich wspólnoty. Nowe wątpliwości pojawiły się w momencie, kiedy zaczęto zastanawiać się, czy kiedy przepisy tego zakresu zostaną uchylone oznaczać to będzie całkowity zakaz wystawiania faktur wewnętrznych po dniu 1 stycznia 2014 roku.
To nie pierwsze zmiany przeprowadzone w zakresie wystawiania faktur wewnętrznych. W ciągu ostatnich lat przepisy zmieniały się, np. w roku 2012 były inne niż w 2013. W brzemieniu art. 106 ust. 7, który reguluje wystawianie faktur wewnętrznych, zachodziły istotne zmiany. Do roku 2012 przepis brzmiał: W przypadku czynności wymienionych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy o VAT, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, oraz świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, są wystawiane faktury wewnętrzne; za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą te czynności dokonane w tym okresie. Faktury wewnętrzne są wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze. W roku 2013 brzmiał całkiem podobnie: W przypadku czynności wymienionych w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy o VAT, wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca, oraz świadczenia usług, dla którego podatnikiem jest ich usługobiorca, mogą być wystawiane faktury wewnętrzne; za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą te czynności dokonane w tym okresie. Faktury wewnętrzne mogą być również wystawiane dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze. W roku 2014 przepis został uchylony, o czym wspomnieliśmy już powyżej. Jak widzimy, w myśl powyższych przepisów, do końca roku 2012 wystawianie faktur wewnętrznych należało do obowiązków podatników, rok później taka czynność była opcjonalna (‘mogą‘) i obowiązek został z nich zdjęty. Wraz z uchyleniem przepisu w dniu 1 stycznia 2014 roku i jednoczesną nowelizacją ustawy o VAT pojęcie faktury wewnętrznej zostało wycofane. Wystawiania takiego rodzaju faktur nie nakładają już na podatnika także rozporządzenia wykonawcze.
Ministerstwo Finansów wydało uzasadnienie, odnoszące się do zmian w ustawie o VAT, wprowadzonych z dniem 1 stycznia 2014 roku:
Faktura wewnętrzna nie jest zresztą istotnym dokumentem mającym wpływ na prawidłowe funkcjonowanie systemu VAT – przykładowo można wskazać, że nie jest ona dokumentem wprowadzanym do obiegu. Jest to bowiem dokument pomocniczy, w którym podatnik zawiera np. przeliczenie wyrażonych w walutach obcych kwot podatku, stawki podatku i inne informacje niezbędne do dokonywania zapisów w ewidencji i deklaracji podatkowej. Transakcje, w związku z którymi istnieje obecnie obowiązek wystawiania faktur wewnętrznych, po wejściu w życie nowelizacji ustawy o VAT będą mogły zostać rozliczone w podatku VAT także na podstawie innych dokumentów. W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest nabywca lub świadczenia usług, dla których podatnikiem jest ich usługobiorca, podstawą taką przykładowo może być faktura wystawiona przez kontrahenta. Natomiast w przypadku czynności wymienionych w art. 7 ust. 2 i 8 ust. 2 taką podstawą może być odpowiedni dokument wewnętrzny wystawiony przez podatnika. Brak jest przy tym przeszkód, aby taki dokument zawierał wszystkie dane, które w obecnym stanie prawnym zawiera faktura wewnętrzna – w związku z likwidacją obowiązku wystawiania faktur wewnętrznych przedmiotowa kwestia pozostaje w sferze wyboru podatnika.
Likwidacja faktur wewnętrznych ma na celu uproszczenie dokumentowania transakcji. Przy czynnościach, które dotychczas wymagały faktur wewnętrznych to podatnik zadecyduje teraz o rodzaju użytej dokumentacji. Jednak, w 2014 roku posługiwanie się fakturami wewnętrznymi nie jest już wskazane, ale znowelizowane przepisy ustawy nie mówią nic o zakazie stosowania tego rodzaju faktur. Nie musimy zatem rezygnować z oprogramowania komputerowego, które generuje dla nas faktury wewnętrzne, ich stosowanie nie powinno być kwestionowane przez fiskusa. To jednak, jakie ostatecznie stanowisko zajmą te organy wobec faktur wewnętrznych pokaże praktyka najbliższych miesięcy.
